トウキョウサンショウウオは、種の保存法に基づく特定第二種国内希少野生動植物種に指定されているほか、処分場のある「日の出町」の天然記念物にも指定されています。また、国の絶滅危惧Ⅱ類、東京都の絶滅危惧IB類にも選定されている絶滅危惧種です。循環組合では、貴重な生き物であるトウキョウサンショウウオを保全するための取組を行っています。

処分場の建設に際して、その生息域や産卵場所が失われる影響をできるだけ少なくするため、昭和61年からトウキョウサンショウウオの産卵池の設置および整備を続けてきました。保全措置の結果、処分場内の産卵池では産卵数が大幅に増加しました。

近年、家で飼いきれずに捨てられて野生化したアライグマ（特定外来生物）等によってトウキョウサンショウウオが捕食される被害が出ています。循環組合では被害を防ぐための取組みとして、アライグマなどの捕獲を行っています。